Nadleśnictwo Wipsowo położone jest w zasięgu trzech obszarów chronionego krajobrazu:

    Obszar Chronionego Krajobrazu Doliny Symsarny - powołany Uchwałą nr XX/471/16 Sejmiku Województwa Warmińsko-Mazurskiego z dnia 27 września 2016 r. (Dz. Urz. Woj. Warm.-Maz. z dn. 7 listopada 2016 r., poz. 4172) na łącznej powierzchni 19 242,16 ha. Obszar położony jest w województwie warmińsko-mazurskim, w powiecie olsztyńskim (gminy: Biskupiec, Jeziorany, Kolno), oraz w powiecie lidzbarskim (gminy: Kiwity, Lidzbark Warmiński, miasto Lidzbark Warmiński). W zasięgu Nadleśnictwa Wipsowo obejmuje powierzchnię około 10 000 ha.

    Obszar Chronionego Krajobrazu Pojezierza Olsztyńskiego - powołany Uchwałą nr XX/470/16 Sejmiku Województwa Warmińsko-Mazurskiego z dnia 27 września 2016 r. (Dz. Urz. Woj. Warm.-Maz. z dn. 7 listopada 2016 r., poz. 4171) na łącznej powierzchni 40 796,95 ha, w powiecie olsztyńskim (gminy: Barczewo, Biskupiec, Purda) oraz w powiecie szczycieńskim (gminy: Dźwierzuty, Pasym, Szczytno). W zasięgu Nadleśnictwa Wipsowo obejmuje powierzchnię około 17 854 ha.

    Obszar Chronionego Krajobrazu Doliny Środkowej Łyny - powołany Uchwałą nr XXVI/606/17 Sejmiku Województwa Warmińsko-Mazurskiego z dnia 25 kwietnia 2017 r. (Dz. Urz. Woj. Warm.-Maz. z dn. 26 maja 2017 r., poz. 2466) na łącznej powierzchni 15 164,74 ha w powiecie olsztyńskim (gminy: Barczewo, Dobre Miasto, Dywity, Gierzwałd, Jonkowo, Olsztyn, miasto Olsztyn, Stawiguda, Świątki,). W zasięgu Nadleśnictwa Wipsowo obejmuje powierzchnię około 12 ha.